U novoj državi Hrvatskoj, od 1991. godine, Rijeka je uvijek završavala u vrhu HNL. Posebno se ističu rezultati kada su 2017. bili prvi, 1999., 2006., 2014. i 2018. su bili drugi, a 2004., 2009. i 2013. na trećem mjestu.
U sezoni 1998./99. je skandaloznim suđenjem u zaključnom dijelu prvenstva, u Ligi za prvaka, HNK Rijeka ostala bez svog prvog naslova prvaka. U posljednjim minutama zadnjeg kola prvenstva, poništen je regularan pogodak HNK Rijeke protiv Osijeka, kojim bi Rijeka pobijedila Osijeka i postala prvakom. Rijeka se za naslov prvaka Hrvatske borila još i 2005., te 2006. godine u Hrvatskoj, te nekoliko puta u Jugoslaviji. HNK Rijeka je jedan od tri najveća hrvatska kluba, što potvrđuje i podatak da Rijeka konstantno igra u prvoj ligi još od 1974. godine, kao i pet osvojenih nacionalnih kupova, jedan osvojeni superkup te brojni europski uspjesi.
Tijekom siječnja 2012. dogovoreno je da će talijanski poslovnjak Gabriele Volpi, ujedno i vlasnik fondacije Social Sport, preuzeti 70 % vlasničkog udjela HNK Rijeke. Ostatak od 30 % udjela ostao je u rukama Grada Rijeke (25 %), odnosno malih dioničara, navijača (5%). Volpi je već vlasnik talijanskog nogometnog kluba “La Spezie” koja je izborila ulazak u Seriu B za narednu sezonu te je bio i vlasnik vaterpolskih klubova Pro Recco i Primorje (prvaci i doprvaci Europe). Rijeka je osigurala trofej hrvatskog prvaka sezone 2016./17. pobijedivši Cibaliju 21. svibnja 2017., a zadnjih 5 utakmica su odigrane 27. svibnja 2017. godine. Rijeka je te sezone osvojila i četvrti Hrvatski nogometni kup (ukupno 6 u povijesti) ostvarivši povijesnu duplu krunu.
domagojdevcic 